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confrontare due campi dello stesso documento

Puoi utilizzare $expr che consente l'utilizzo di espressioni di aggregazione all'interno del linguaggio di query.

db.collection.find({ "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } })

o con aggregazione

db.collection.aggregate([
  { "$match": { "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } } }
])