Puoi utilizzare $expr
che consente l'utilizzo di espressioni di aggregazione all'interno del linguaggio di query.
db.collection.find({ "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } })
o con aggregazione
db.collection.aggregate([
{ "$match": { "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } } }
])