Se lo stai eseguendo in centos/RHEL/Amazon Linux, dovresti sapere che il devicemapper ha grossi problemi con il rilascio di inode in Docker.
Anche se elimini l'intero sistema docker, si bloccherà comunque su molti inode, l'unico modo per risolvere davvero questo problema è fondamentalmente implodere la finestra mobile:
service docker stop
rm -rf /var/lib/docker
service docker start
Questo dovrebbe rilasciare tutti i tuoi inode.
Ho dedicato molto tempo a questo, Docker supporta completamente solo Ubuntu overlay2 e il devicemapper, sebbene funzioni, tecnicamente non è supportato.