Non c'è una struttura particolare per quello. Una cosa che potresti fare è eseguire parte di quel codice nella shell mongo, che può eseguire esattamente lo stesso javascript del server. La shell non ha un debugger ma con il suo prompt interattivo sarebbe molto più facile provare cose, ispezionare variabili, ecc.
Personalmente non consiglierei necessariamente di spostare il codice nel server. Notare che è possibile inviare più operazioni di scrittura (es. inserimenti) di seguito e poi dopo averne inviate più chiedere un'unica conferma. Quindi quello scenario non è necessariamente lento anche se c'è una latenza di rete non banale.
In alternativa, è possibile eseguire il codice C# sullo stesso server del processo mongod e quindi ottenere una latenza estremamente bassa nei turnaround delle richieste. Un modo per farlo sarebbe creare un server Web che sia scritto in C# e incapsula la logica suggerita sopra.