Dovresti solo chiamare mongoose.connect una volta, nel codice di avvio dell'applicazione. Ciò creerà il pool di connessioni predefinito per la tua applicazione.
Il tuo model1.js e model2.js i file creano i loro modelli tramite chiamate a mongoose.model che li lega alla connessione predefinita.
Quindi in realtà è gestito per te da Mongoose.