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Rimuovere l'elemento dall'array nidificato mongodb

Puoi provare sotto la query di aggiornamento nella versione 3.6.

Invoice.update( 
 {}, 
 {"$pull":{"attachment.$[].files":{_id:ObjectId("5b7969ac8fb15f3e5c8e844e")}}}, 
 {"multi": true}, function (err, result) {console.log(result);
});

Usa db.adminCommand( { setFeatureCompatibilityVersion: 3.6 or 4.0 depending on your version } ) se stai eseguendo l'aggiornamento dalla vecchia versione.