Mongoose pluralizza il nome del modello poiché considera questa buona pratica per una "raccolta" di cose un nome pluralizzato. Ciò significa che ciò che stai attualmente cercando nel codice è una raccolta chiamata "utenti" e non "utente" come potresti aspettarti.
Puoi ignorare questo comportamento predefinito specificando il nome specifico per la raccolta che desideri nella definizione del modello:
var userModel = mongoose.model('user', userSchema, 'user');
Il terzo argomento è il nome della raccolta da utilizzare anziché ciò che verrà determinato in base al nome del modello.