Il modo più semplice per copiare/clonare un'istanza di documento mangusta?

Devi reimpostare d1.isNew = true; come in:

Model.findById(yourid).exec(
    function(err, doc) {
        doc._id = mongoose.Types.ObjectId();
        doc.isNew = true; //<--------------------IMPORTANT
        doc.save(callback);
    }
);