Puoi usare gli oggetti anche per il campo _id. Il campo _id è sempre univoco. In questo modo otterrai una chiave primaria composita:
{ _id : { a : 1, b: 1} }
Fai solo attenzione quando crei questi ID che l'ordine delle chiavi (aeb nell'esempio) è importante, se li scambi, viene considerato un oggetto diverso.
L'altra possibilità è lasciare _id da solo e creare un indice composto univoco.
db.things.ensureIndex({firstname: 1, lastname: 1}, {unique: true});
//Deprecated since version 3.0.0, is now an alias for db.things.createIndex()
https://docs.mongodb.org/v3.0/reference/method/db.collection.ensureIndex/
