Mongodb Join sul campo _id da String a ObjectId

Puoi utilizzare $toObjectId aggregazione da mongodb 4.0 che converte la stringa id a ObjectId

db.role.aggregate([
  { "$lookup": {
    "from": "user",
    "let": { "userId": "$_id" },
    "pipeline": [
      { "$addFields": { "userId": { "$toObjectId": "$userId" }}},
      { "$match": { "$expr": { "$eq": [ "$userId", "$$userId" ] } } }
    ],
    "as": "output"
  }}
])

Oppure puoi usare $toString aggregazione da mongodb 4.0 che converte ObjectId a String

db.role.aggregate([
  { "$addFields": { "userId": { "$toString": "$_id" }}},
  { "$lookup": {
    "from": "user",
    "localField": "userId",
    "foreignField": "userId",
    "as": "output"
  }}
])