Al momento non c'è un modo per farlo all'interno della fase $progetto, ma puoi usare la fase $redact per rimuovere il campo in modo condizionale (ad esempio, imposti il valore su 0 come stai facendo nel tuo esempio.
db.collection.aggregate(
... matching and stuff ...
{$project: { _id: { $ifNull: [ "$user_id", 0 ] } }},
{$redact: {
{$cond: {
if: { $eq: [ "$user_id", 0 ] },
then: '$$PRUNE',
else: '$$DESCEND'
}}
}