Infine "risolvi" il problema compilando dal sorgente postgis 2.2.2 (che richiede anche gdal, proj4 e geos) e quindi rilascio
CREATE EXTENSION postgis;
CREATE EXTENSION postgis_topology;
da DROP EXTENSION postgis; mi dice che Postgis non era più presente.
E infine:
ALTER EXTENSION postgis UPDATE TO '2.2.2';
ALTER EXTENSION postgis_topology UPDATE TO '2.2.2';
Ho di nuovo accesso ai miei dati e funzioni geom da PostgreSQL 9.4. Sembra che la compilazione dal sorgente abbia aggiornato correttamente il percorso della variabile per postgresql e installato /usr/lib/postgresql/9.4/lib/postgis-2.2.quindi non era più presente (anche per postgis-2.1.so), anche con (re)installazione da apt-get.
Spero che questo ti aiuterà.
