Poiché la tua app flask e le immagini Postgres non si trovano nello stesso contenitore Docker, non puoi accedere al database tramite localhost !!
nell'URL del tuo database sostituisci localhost il nome del servizio Postgres in docker-compose/
engine = create_engine('postgresql://user:[email protected]{}:5432/database'.format('service_name_of_postgres'))
complimenti per questa risposta.