Come ha detto il commento, puoi usare fragment/1 :
query = from t in <Model>, select: fragment("SUM(CASE WHEN status = ? THEN 1 ELSE 0 END)", 2)
Se vuoi specificare la tabella, questo funziona per me:
query = from t in <Model>, select: fragment("SUM(CASE WHEN ? = ? THEN 1 ELSE 0 END)", t.status, 2)
