Quando si utilizza una clausola "GROUP BY", è necessario racchiudere tutte le colonne che non sono raggruppate in una funzione di aggregazione. Prova ad aggiungere il titolo all'elenco GROUP BY o seleziona "min(a.title)".
SELECT COUNT(t.tag), a.title FROM a_tags t
JOIN w_articles2tag a2t ON a2t.tag = t.id
JOIN w_article a ON a.id = a2t.article
WHERE t.tag = 'css' OR t.tag = 'php' GROUP BY t.tag, a.title LIMIT 9