Rilascia prima la chiave primaria e crea una sequenza temporanea.
alter table mytable drop constraint mydata_pkey;
create temporary sequence temp_seq;
Usa la sequenza per aggiornare:
update mytable
set id = nextval('temp_seq');
Ricrea la chiave primaria e rilascia la sequenza
alter table mytable add primary key (id);
drop sequence temp_seq;
Se c'è una dipendenza da chiave esterna su questa tabella, dovrai prima affrontarla e l'aggiornamento sarà una procedura più complessa.