Deve essere perché stai installando psycopg2 nell'installazione python a livello di sistema non nel tuo virtualenv.
sudo apt-get install python-psycopg2
lo installerà nell'installazione python a livello di sistema.
Puoi installarlo nel tuo virtualenv da
pip install psycopg2
dopo aver attivato il tuo virtualenv oppure puoi creare il tuo virtualenv con --system-site-packages flag in modo che il tuo virtualenv abbia pacchetti nel tuo python a livello di sistema già disponibili.
virtualenv --system-site-packages test
dove test è il tuo virtualenv.
