Imposta più "gruppi di connessione" per ogni server nel tuo file di configurazione database.php, quindi nel modello:
$DB1 = $this->load->database('group_one', TRUE);
$DB2 = $this->load->database('group_two', TRUE);
//read from DB1
$DB1->query();
//write to DB2
$DB2->insert();
Vedi esempi in:Connessione a più database
