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PHP - Come formattare i dati per in_array

Usa FIND_IN_SET() per cercare un elemento di un elenco separato da virgole.

$lsc_adminid_query = xtDBquery("
    SELECT lsc.option_id
    FROM lsc_config lsc
    WHERE FIND_IN_SET({$_SESSION['customer_id']}, lsc.option_value)");

Ma sarebbe meglio normalizzare il tuo progetto in modo da non avere elenchi separati da virgole nelle colonne del database in primo luogo.