Il ./configure il comando fa parte del processo di compilazione dal codice sorgente.
Puoi compilare dal sorgente o installare tramite il gestore pacchetti. Immagino che nel tuo caso sia preferibile il gestore dei pacchetti.
Come si lamenta il gestore dei pacchetti, non puoi avere entrambi php-mysql e php-mysqlnd installato.
Quindi puoi
yum remove php-mysql
prima di
yum install php-mysqlnd
Quindi verifica il successo tramite
php -m | grep mysqlnd
o
php -i | grep mysqlnd
