come inserire nella tabella i valori (col1, col2) (selezionare max(id) dalla tabella2, selezionare id dalla tabella3); ?

Sembra che questo sia quello che vuoi:

INSERT INTO table1_table2 (table1_id, table2_id) 
    SELECT MAX(table1.id), table2.id FROM table1, table2 GROUP BY table2.id;