Sfortunatamente, non conosco alcun modo per disabilitare la registrazione MySQL per le singole istruzioni. La documentazione MySQL consiglia di mantenere i log protetti per questo motivo:
Da 5.2.3. Il registro generale delle query
Sfortunatamente, quella registrazione anti-password integrata (dalla 5.6.3) vale solo per la funzione MySQL PASSWORD().
Vedo alcune possibili soluzioni per il tuo problema:
- Per ogni query:disabilita il log, esegui la query, abilita il log
- Esegui l'hash della password nella tua stessa applicazione (nel tuo caso, php sha)
- Proteggi i file di registro in modo che nessuno possa vedere le istruzioni
- Accedi a un'applicazione che rimuove le password stesse