Non c'è niente di sbagliato nei tuoi log.
Un'istanza mysqli live non significa che esiste una connessione mysql live . A differenza di PDO, puoi chiudere la connessione mysql ma avere un oggetto mysqli va bene. Quindi il messaggio di errore dice:
mysqli_report(MYSQLI_REPORT_ERROR | MYSQLI_REPORT_STRICT);
$conn = new mysqli('localhost','root','','test');
$conn->query("SELECT 1");
$conn->close();
var_dump(get_class($conn));
$conn->query("SELECT 1");
ti darà l'output previsto:
Devi trovare il punto in cui il tuo codice sta chiudendo la connessione e risolverlo.