Mi sembra un compito per LEFT OUTER JOIN, in questo modo:
SELECT parent.name, COUNT(product.item_id),
(select count(*) from Category parent2
where parent.lft > parent2.lft
and parent.rgt < parent2.rgt) as depth
FROM Category parent
LEFT OUTER JOIN Category node
ON node.lft BETWEEN parent.lft AND parent.rgt
LEFT OUTER JOIN Item_Category product
ON node.category_id = product.category_id
GROUP BY parent.name
ORDER by node.lft
In tal modo, ti assicuri che tutte le categorie vengano visualizzate. Nota che non sono sicuro al 100%.
EDIT:aggiunta la selezione secondaria per la profondità, provalo.
EDIT:virgola rimossa