Un modo semplice per farlo è aggiungerlo al percorso dell'ambiente Windows (è nel percorso sulla maggior parte dei sistemi Unix). Quindi devi solo chiamare mysql dallo script.
Ecco la pagina delle informazioni su come farlo da MySQL:Avvio servizio MySQL Windows
E in quella pagina vuoi trovare il testo
e leggi quella sezione. Usando questo metodo devi solo chiamare mysql senza un percorso.