Problemi durante la generazione di una lista in Python e la sua memorizzazione in un database mysql

Sembra che tu stia sovrascrivendo gli elenchi invece di aggiungerli quando lo fai:

for site in sites:
    items = [site.select('//h2').extract()]
    item = [site.select('//h3').extract()]
    meta = [site.select('//meta').extract()]

Penso che potresti voler cambiarlo in:

for site in sites:
    items.append(site.select('//h2').extract())
    item.append(site.select('//h3').extract())
    meta.append(site.select('//meta').extract())