Ci sono alcuni motivi che mi vengono in mente per spiegarlo:
- Python deve iniziare, mentre hai già workbench in esecuzione.
- Python deve caricare il tuo programma, mentre Workbench no.
- Python deve aprire una connessione al database mentre workbench (presumo) ne abbia già una.
Per risolvere il problema, prova a utilizzare il modulo timeit python (o esegui il cronometraggio manuale) e includi solo i comandi execute/fetchall.
