mysqldump crea anche il dump delle chiavi esterne... aggiunge una sintassi come:
mysql> SET foreign_key_checks = 0;
mysql> SOURCE dump_file_name;
mysql> SET foreign_key_checks = 1;
Puoi leggere il manuale su:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/create-table-foreign-keys.html per mysqldump di chiavi esterne