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aggiornare una tabella con chiave esterna

Se vuoi aggiornare un timeout, penso che non sia necessario aggiornare time_id, id e timein perché hai già inserito nella tua prima dichiarazione. Quindi la tua dichiarazione di aggiornamento sarebbe:

   $checkFk = mysql_query("SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0");//turn off foreign key
   $sql = "UPDATE `time` SET `timeout`='$timeout' WHERE `timeid` = '$timeid'";
   $resetFk = mysql_query("SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1");//turn on foreign key

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