MySQL raggruppa per giorno con datetime che mescola le stesse date di mesi diversi

Devi raggruppare per ogni pezzo che potrebbe essere diverso. Quindi aggiungi MONTH(Date) e anche YEAR(Date) a seconda dell'ambito della tua richiesta.

select DAY(Date), count(*) from Posts WHERE shopID != '' group by shopID, YEAR(Date), MONTH(Date), DAY(Date)