Dopo aver provato molte cose, ho notato che la funzione to_sql non stava generando la sintassi MySQL corretta per il suo funzionamento. Anche con l'approccio per passare a wkb MySQL non ha ancora riconosciuto quella colonna come geometria se lascio il testo così com'è (vedi immagine nella domanda).
Ciò che ha funzionato per me è stato cambiare il campo della geometria in stringa e aggiornarlo in python in modo che appaia così: 
Successivamente, ho proceduto a utilizzare il codice seguente, dove ho inviato il dataframe a MySQL e quindi ho aggiornato la tabella per impostare la colonna della geometria:
regions.to_sql('pr_regions', con=conn, schema='eq_pr_db',
if_exists='replace', index=False)
#add column type Polygon
conn.execute('''ALTER TABLE `eq_pr_db`.`pr_regions`
ADD COLUMN `geom` Polygon;''')
#populate new column by applying the ST_GeomFromText function to transform the string to geometry type.
conn.execute('''UPDATE `eq_pr_db`.`pr_regions`
SET geom = ST_GeomFromText(geometry) ;''')
