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MySQL:la conversione da MyISAM a InnoDB rende le query più veloci...?

Verificare la configurazione dei due motori. È possibile che la configurazione del tuo motore InnoDB sia più efficiente per le tue ricerche rispetto al modo in cui hai impostato MyISAM.

Un valore di configurazione chiave è innodb_buffer_pool_size, che è dove InnoDB memorizza nella cache i dati (e gli indici, ma non hai indici).