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Aggiorna campo quando non è nullo

Fai questo:

UPDATE newspapers
SET scan_notes = "data",    
  scan_entered_by = "some_name",    
  scan_modified_date = "current_unix_timestamp",
  scan_created_date = COALESCE(scan_created_date, "current_unix_timestamp")
WHERE id = X

Il COALESCE la funzione seleziona il primo valore non nullo. In questo caso, aggiornerà il dateamp scan_created_date in modo che sia lo stesso valore se esiste, altrimenti prenderà qualunque cosa tu sostituisca "current_unix_timestamp" con.