Risulta che era una questione di domande senza impegno. Grazie a Brent Worden per la domanda sulle transazioni che mi ha portato a guardarmi intorno e notare che avevo disabilitato il commit automatico e non stavo eseguendo il commit dopo le query.
Quindi le soluzioni che hanno funzionato per me:
conn.setAutoCommit(true);
o
statement.executeQuery(query);
conn.commit();
Ciò consente di eliminare le query e di prevenire dati obsoleti.