Possiamo usare le migrazioni EF con MySql

Teoricamente si. In pratica devi prima ottenere (o crearti) la classe derivata da System.Data.Entity.Migrations.Sql.MigrationSqlGenerator che sarà responsabile della generazione di SQL per MySQL. Qui riguarda più la personalizzazione (o la riscrittura) della generazione SQL.

Puoi anche attendere che gli sviluppatori di EF che supportano i provider ADO.NET includano questa funzionalità nei loro pacchetti. Ad esempio Devart ha già iniziato a lavorare sul supporto per le migrazioni per i loro Oracle, MySQL, PostgreSQL e SQLite.