L'uso di IF() dovrebbe funzionare, anche se non è carino:
INSERT INTO table1 SET
field1=aa,
field2=bb,
field3=cc
ON DUPLICATE KEY UPDATE SET
field1 = IF( field4 = zz, aa, field1 ),
field2 = IF( field4 = zz, bb, field2 ),
field3 = IF( field4 = zz, cc, field3 )
Aggiorna i campi con nuovi valori solo se la condizione è soddisfatta, altrimenti mantieni quelli vecchi.