Non puoi finché join intendi usare SQL JOINS . Lo è, perché la query SQL viene sempre inviata a un database o un server specifico.
Devi inviare due query indipendenti, una per ogni database e quindi fornire una logica in PHP per unirle tramite array_merge (full join) o alcuni script più avanzati.
Non posso aiutarti di più senza vedere del tuo codice.