Quando si utilizza Glassfish, è possibile impostare queste proprietà come aggiuntive rispetto ai pool di connessione JDBC. Individua e visualizza la connessione al database in Amministrazione Web (Risorse->Pool di connessione JDBC->tua.connessione). Nella scheda delle proprietà aggiuntive aggiungi (se non sono ancora presenti) le proprietà menzionate e riavvia il server:
//name, value
characterEncoding, UTF-8
characterSetResults, UTF-8
useUnicode, true
Il risultato sarà lo stesso se i parametri vengono aggiunti all'URL, ma questa è una soluzione più gestibile secondo me.