Ho scoperto che ciò si è verificato quando MySQL ha utilizzato troppa RAM. Questa domanda e questo post entrambi hanno aiutato con un modo per testare e una soluzione.
Per me, aggiungendo questo al mio /etc/mysql/my.cnf il file ha risolto il problema.
innodb_buffer_pool_size = 12M
Ecco come ho deciso quanta memoria allocare. Avvia tutto tranne MySQL e controlla quanta memoria è libera. Imposta il buffer InnoDB al 10% di tale importo. Per me erano 12 milioni.
