Consiglierei di combinare più query come nell'esempio in basso.
INSERT INTO tbl_name (a,b,c) VALUES(1,2,3),(4,5,6),(7,8,9);
Se una delle coppie di valori fallisce, nessuno dei dati verrà inserito. Questo metodo invia anche meno caratteri e andata e ritorno al DB. L'implicazione di meno personaggi potrebbe non essere così attraente, ma ha comunque un leggero vantaggio.
EDIT:
Tim ha una bella domanda. Consentitemi di includere informazioni da Documento MySQL