Bene, se avessi usato le tabelle InnoDB, potresti impostare un eliminazione a cascata con chiavi esterne che farebbe tutto automaticamente. Ma se hai qualche motivo per usare MyISAM, devi semplicemente usare un multiplo -tabella ELIMINA :
DELETE FROM boards, topics, messages
USING boards INNER JOIN topics INNER JOIN messages
WHERE boards.boardid = $boardid
AND topics.boardid = boards.boardid
AND messages.boardid = boards.boardid;