Non posso testarlo, ma potresti provare qualcosa come:
update table t
set mi_percentile = (
select count(*)
from table t1
where M1 < t.M1 / (
select count(*)
from table));
AGGIORNAMENTO:
update test t
set m1_pc = (
(select count(*) from test t1 where t1.M1 < t.M1) * 100 /
( select count(*) from test));
Funziona in Oracle (l'unico database che ho a disposizione). Ricordo di aver ricevuto quell'errore in MySQL. È molto fastidioso.