query mysql con like %..% nella clausola where che restituisce risultati diversi

Dovresti convertire l'input dell'utente, non c'è alcuna funzione LOOKS LIKE in MySQL :)

Puoi memorizzare la stringa traslitterata insieme a quella originale e utilizzare php::translit per fare questo:

id data    trans_data
1  Москва  MOSKVA
2  София   SOFIA

SELECT  *
FROM    table
WHERE   trans_data LIKE CONCAT('%', ?, '%')

mysqli->bind_param('s', strtoupper(transliterate('Москва')));