Puoi connetterti a un database esterno dalla tua istanza Joomla senza utilizzare la risorsa corrente del tuo DB Joomla. Prova questo:
<?php
$option = array(); //prevent problems
$option['driver'] = 'mysql';
$option['host'] = 'dbase.host.com';
$option['user'] = 'login';
$option['password'] = 'pwd';
$option['database'] = 'anotherdb';
$db = & JDatabase::getInstance( $option );
?>
Per ulteriori informazioni in merito, controlla Joomla! Documentazione