La tua sottoquery dovrebbe essere così:
SELECT
attributes_entity.product_id
FROM
attributes_entity INNER JOIN attributes
ON attributes_entity.attribute_id=attributes.id
INNER JOIN attributes_values ON
attributes_entity.value_id=attributes_values.id
WHERE
(attributes.name="Memory" AND attributes_values.value="16GB")
OR
(attributes.name="Color" AND attributes_values.value="Gold")
GROUP BY
attributes_entity.product_id
HAVING
COUNT(DISTINCT attributes.name)=2
questa soluzione utilizza una sottoquery GROUP BY. Devi usare OR perché l'attributo non può essere Memoria e Colore contemporaneamente sulla stessa riga, possono essere entrambi veri ma su righe diverse. COUNT(DISTINCT attributi.nome) conta gli attributi numerici che Coloro o Memoria, se è 2 allora c'è almeno 1 riga in cui la prima condizione è vera e 1 riga in cui anche l'altra è vera.