Come unire due database, con gli stessi dati, ma con PK diversi, senza campi duplicati?

Seleziona un UNION tutte le colonne tranne le PK ti daranno solo righe distinte:

insert into new_table (<non-pk columns>)
select <non-pk columns> from tableA
union
select <non-pk columns> from tableB

Nota:union rimuove i duplicati.