TRUNCATE tableName;
Questo svuoterà il contenuto della tabella.
Modifica in risposta alla modifica Q:sembra dal mio test rapido che dovrai eseguire almeno 2 query poiché sembra che "mostra tabelle" non possa essere utilizzato come sottoquery, non so come farlo in bash quindi ecco un esempio PHP, speriamo che possa essere d'aiuto.
<?php
mysql_connect('localhost', 'user', 'password');
$dbName = "database";
mysql_select_db($dbName); /*added semi-colon*/
$result_t = mysql_query("SHOW TABLES");
while($row = mysql_fetch_assoc($result_t))
{
mysql_query("TRUNCATE " . $row['Tables_in_' . $dbName]);
}
?>
Come minimo questo richiede una gestione degli errori.