Se ti connetti a MySQL utilizzando SSL, tutto il traffico tra il tuo client SSL e il server verrà crittografato.
MYSQL_CLIENT_SSL è obsoleto. Utilizzo di mysqli se è necessario utilizzare SSL,
$db = mysqli_init();
$db->ssl_set(null, null,'cacert.pem',NULL,NULL);
$db->real_connect('host','user','pass','db');