ELIMINA DA AVERE COUNT(*) in MySQL

Come indicato nel il manuale :

Penso che dovrai eseguire questa operazione tramite una tabella temporanea:

CREATE TEMPORARY TABLE temp
  SELECT   part_desc
  FROM     ag_master
  GROUP BY part_desc
  HAVING   COUNT(*) > 1000;

DELETE FROM ag_master WHERE part_desc IN (SELECT part_desc FROM temp);

DROP TEMPORARY TABLE temp;