Aggiungi un indice ai tuoi tags
colonna:
ALTER TABLE `tagname`
ADD INDEX `tags_index` (`tags` ASC) ;
MODIFICA:
Prova a creare un secondo indice
CREATE INDEX tags_pid_index ON tagname (tags, pid);
Quindi modifica la tua query in:
SELECT tags, COUNT(pid) as Num
FROM tagname
GROUP BY tags
ORDER BY Num DESC