Chiama t.start() per iniziare un nuovo Thread , chiamando Thread#run non fa altro che chiama run metodo del Thread nello stesso contesto del thread...
Detto questo, Swing non è thread-safe, Swing richiede che tutti gli aggiornamenti all'interfaccia utente vengano effettuati nel contesto del thread di distribuzione degli eventi. Invece di usare un Thread , dovresti prendere in considerazione l'utilizzo di un SwingWorker , che ti consente di eseguire attività di lunga durata in un thread in background, ma che fornisce publish di facile utilizzo /process metodi e chiamate done al termine, che vengono eseguiti nel contesto dell'EDT per te.
Vedi Worker Threads e SwingWorker per maggiori dettagli
